Banca Apulia è il risultato della fusione con Banca Meridiana, nata nel 2002, e della successiva integrazione della nuova banca nel Gruppo Veneto Banca. Legata da una lunga tradizione e presenza storica con il territorio pugliese, trae origini dal Banco di Torremaggiore (1924) e assume l'attuale denominazione nel 1996.
La Banca Apulia è stata cancellata dall'Albo delle Banche in data 26/05/2019 ed è stata incorporata in INTESA SANPAOLO S.P.A..